Les différentes églises de Baena, et en particulier celles qui sont le siège canonique de confréries séculaires, abritent un ensemble artistique d’une pertinence singulière où les images appartenant aux confréries de la Semaine Sainte occupent une place prépondérante. Ainsi, dans le conventuel de San Francisco, les sculptures des Christ de la flagellation et de Ecce Homo (populairement connu sous le nom de Jesús de la Ventana), qui est lié à l’atelier de José de Mora, et celui de Jésus Nazaréen, œuvre réalisée par le sculpteur sévillan Miguel de Perea dans le premier tiers du XVIIIe siècle. Il convient également de noter la Dolorosa de cette confrérie et celle de Nuestro Padre Jesús del Huerto y San Diego, toutes deux fabriquées au XVIIIe siècle. Les images qui donnent la propriété à cette dernière confrérie et celle de San Juan appartenant au Nazareno sont également d’autres œuvres baroques notables qui augmentent le patrimoine de ce temple déclaré monument d’intérêt historique artistique en 1983. Pour sa part, dans l’église paroissiale de Notre-Dame de Guadalupe, les images qui traitent les confréries de Dulce Nombre de Jesús, Santo Cristo del Calvario et Soledad de María Santísima et celles appartenant à l’Archiconfrérie Royale de Santo Cristo Resucitado et María Santísima sont vénéré Rosaire. Dans la première, se distingue le Cristo de la Sangre, œuvre sublime liée au sculpteur maniériste Pablo de Rojas, celle de San Juan (de l’atelier Pedro de Mena) et celle de Nuestra Señora de la Soledad, attribuée aux gouges de Pedro de Mena et José de Mora. L’image du Cristo del Calvario mérite une mention séparée, une œuvre du XVIe siècle qui appartient également à cette confrérie, et celle de la Virgen del Rosario, co-titulaire de l’archiconfrérie du dimanche de la Résurrection.

Enfin, dans l’église paroissiale de Santa María la Mayor, le Saint-Christ du Pardon, chef de la Confrérie du Silence, est vénéré. C’est l’une des images les plus anciennes de la ville, son esthétique Renaissance bien qu’avec des réminiscences gothiques tardives qui la situeraient entre la fin du XVe siècle et le début du siècle suivant.