En 1550, los primeros religiosos de la Orden de San Francisco llegaron a Baena bajo el auspicio de Doña María de Mendoza y Sarmiento, esposa del primer Duque de Baena. Gracias a su apoyo, se erigió la iglesia, el claustro y el convento, aunque las estructuras actuales datan del siglo XVII.

La iglesia, de una sola nave con crucero, está cubierta por una bóveda de medio cañón con fajones y lunetos. Los muros están decorados con pinturas que presentan una elaborada ornamentación de rocalla, otorgando al conjunto un aspecto impresionante.

La puerta principal del templo, de estilo sencillo, fue construida en el siglo XVIII. Está flanqueada por dos pilastras toscanas y cuenta con un dintel. Aún más austera es la otra entrada, ubicada en una calle lateral, que data del siglo XVII y presenta un frontón completo y pináculos piramidales.

El retablo mayor, tallado en madera y policromado, data de 1740. En esta iglesia se venera la imagen del patrón de la ciudad.