En 1550, les premiers religieux de l’Ordre de Saint François arrivèrent à Baena sous le patronage de Doña María de Mendoza y Sarmiento, épouse du premier Duc de Baena. Grâce à son soutien, l’église, le cloître et le couvent furent construits, bien que les structures actuelles datent du XVIIe siècle.

L’église, à nef unique avec un transept, est couverte par une voûte en berceau avec arcs-doubleaux et lunettes. Les murs sont décorés de peintures présentant une ornementation rocaille élaborée, donnant à l’ensemble un aspect impressionnant.

La porte principale du temple, de style sobre, fut construite au XVIIIe siècle. Elle est encadrée par deux pilastres toscans et possède un linteau. Encore plus austère est l’autre entrée, située dans une rue latérale, datant du XVIIe siècle, avec un fronton complet et des pinacles pyramidaux.

Le retable principal, sculpté en bois et polychrome, date de 1740. Cette église abrite l’image du saint patron de la ville.