Nel 1550, i primi religiosi dell’Ordine di San Francesco arrivarono a Baena sotto il patrocinio di Doña María de Mendoza y Sarmiento, moglie del primo Duca di Baena. Grazie al suo sostegno, furono costruiti la chiesa, il chiostro e il convento, anche se le strutture attuali risalgono al XVII secolo.

La chiesa, a navata unica con transetto, è coperta da una volta a botte con archi a sesto ribassato e lunette. Le pareti sono decorate con dipinti che presentano un’elaborata ornamentazione a rocaille, conferendo all’insieme un aspetto spettacolare.

Il portale principale del tempio, di stile semplice, fu costruito nel XVIII secolo. È affiancato da due pilastri toscani e presenta un architrave. Ancora più austero è l’altro ingresso, situato in una strada laterale, risalente al XVII secolo, con un frontone completo e pinnacoli piramidali.

L’altare maggiore, scolpito in legno e policromo, risale al 1740. In questa chiesa si venera l’immagine del santo patrono della città.